С 1986 по 1991 год Шалимов выступал за московский «Спартак». В 1989 году он стал чемпионом СССР, в 1991-м – серебряным призером чемпионата СССР. Также в 1990 году он выиграл молодежный чемпионат Европы в составе молодежной сборной СССР.

В 1991 Шалимов переехал в Италию. В итальянском чемпионате он выступал за «Фоджу», «Интер», «Удинезе», «Болонью» и «Наполи». Также он защищал цвета немецкого «Дуйсбурга» и швейцарского «Лугано». В составе «Интера» он выигрывал Кубок УЕФА и занимал второе место в чемпионате Италии.

За сборную России Шалимов провел 23 матча и забил три мяча, за сборную СССР – 20 матчей (2 мяча). Также на его счету 4 матча за сборную СНГ. После допингового скандала в сезоне 1998/1999 в составе «Наполи» был вынужден завершить карьеру.

Тренировал «Краснознаменск», «Уралан», женскую и студенческую сборную России, сборную ФНЛ. В настоящее время возглавляет клуб "Краснодар".