Хуан Карлос Карседо — воспитанник футбольного клуба «Оспиталет», за который выступал в Сегунде В в сезоне 1993/94. Дальнейшая карьера Карседо также была связана с клубами из Сегунды В, он провёл по одному сезону в составе клубов «Граменет» и «Эспаньол B». Затем три сезона выступал в Ла Лиге 2 за «Атлетико Мадрид B».

В 1999—2002 годах Карседо выступал во Франции за «Ниццу», за которую провёл 21 матч в чемпионате. В сезоне 2000/01 Карседо был взят в аренду основной командой «Атлетико Мадрид», боровшейся в Ла Лиге 2 за выход в Ла Лигу, однако в том сезоне команда не смогла вернуться в высший дивизион.

После «Ниццы» Карседо продолжил выступать за «Леганес» в Ла Лиге 2 и «Лас-Пальмас» в Сегунде В

В 2006 году Хуан Карлос Карседо присоединился к тренерскому штабу своего бывшего партнёра по «Леганесу» Унаи Эмери в «Альмерии». Летом 2008 года после успешного сезона в Ла Лиге Эмери был приглашён возглавить «Валенсию», а руководство «Альмерии», в свою очередь, предложило возглавить команду Карседо, но тот предпочёл последовать за Эмери.

В дальнейшем Карседо работал ассистентом Эмери в «Валенсии» (2008—2012), московском «Спартаке» (2012), «Севилье» (2013—2016), «Пари Сен-Жермен» (2016—2018) и лондонском «Арсенале» (2018—2019). В качестве ассистента Эмери Карседо трижды становился бронзовым призёром чемпионата Испании с «Валенсией», трижды победителем Лиги Европы УЕФА с «Севильей», чемпионом и обладателем Кубка Франции с «Пари Сен-Жермен».

10 мая 2015 года Карседо провёл матч с «Сельтой» в качестве главного тренера «Севильи», из-за отсутствия Унаи Эмери в связи со смертью отца Хуана Эмери, также профессионального футболиста. Игра закончилась со счётом 1:1.

Летом 2020 года Карседо начал самостоятельную карьеру, подписав двухлетний контракт с клубом Сегунды В «Ивиса». По итогам первого сезона впервые в истории вывел команду в Сегунду, после чего его контракт был продлён ещё на год. Однако 18 декабря 2021 года, после серии из шести матчей без побед, Карседо был уволен.

31 мая 2022 года был назначен главным тренером клуба «Реал Сарагоса», также выступающего в Сегунде. 6 ноября был уволен в связи с неудовлетворительными результатами команды.

24 июня 2023 года была объявлено о назначении Карседо главным тренером кипрского клуба «Пафос». 18 мая 2024 года «Пафос» выиграл первый трофей в своей истории, одержав победу над «Омонией» со счётом 3:0 в финале Кубка Кипра. По итогам следующего сезона «Пафос» впервые стал чемпионом, обыграв в решающем матче со счётом 4:0 «Арис». На старте следующего сезона подопечные Карседо сенсационно вышли в общий этап Лиги чемпионов, последовательно пройдя в квалификационных раундах «Маккаби» (Тель-Авив), «Динамо» (Киев) и «Црвену звезду».

5 января 2026 года был назначен главным тренером московского «Спартака». Контракт был подписан до лета 2028 года. Дебютный матч Карседо на посту главного тренера «красно-белых» состоялся 2 марта в 19-м туре чемпионата против «Сочи». Команда выиграла со счётом 3:2 и, таким образом, Карседо стал первым тренером «Спартака» за восемь лет, который выиграл дебютный матч (последним таким тренером был Олег Кононов). Также «Спартак» впервые в своей истории обыграл «Сочи» в гостях.

«Пафос» - Чемпион Кипра: 2024/25, Обладатель Кубка Кипра: 2023/24