Впервые с этого сезона применён новый метод составления календаря. Проект календаря был разработан РПЛ вместе с представителями НИУ ВШЭ, математически задача планирования календаря свелась к минимизации суммы штрафных баллов при нарушении ограничений календаря. Этими ограничениями являются: участие клубов в еврокубковых турниров (ЛЧ и ЛЕ), занятость стадионов другими мероприятиями, погодные условия в разных регионах России, равномерное распределение «топовых матчей» (то есть матчей с участием клубов верхней части таблицы прошлого сезона).

Также впервые с этого сезона будет использована система видеопомощи арбитрам (VAR).

Чемпионат России 2019/2020 проводится по принципу «каждый с каждым» в два круга на своём поле и поле соперника. Команды клубов, занявшие 15-е и 16-е места в итоговой турнирной таблице чемпионата 2019/2020, выбывают в Первенство ФНЛ после соблюдения процедуры выбывания клубов из премьер-лиги. Команды, занявшие 13-е и 14-е места, играют по два переходных матча (дома и в гостях) с командами Первенства ФНЛ 2019/2020, занявшими соответственно 3-е и 4-е места (без учёта мест, занятых вторыми командами премьер-лиги). Победителем переходных матчей признаётся команда, которая забьёт большее количество голов в двух матчах, а при равенстве забитых голов — команда, забившая большее количество голов на чужом поле. В случае, если команды забьют равное количество голов на своём и чужом поле, то после второго матча назначаются два дополнительных тайма по 15 минут каждый без перерыва. Если в течение дополнительного времени обе команды забьют равное количество голов, то победителем будет команда, играющая в этом матче в гостях. Если в течение дополнительного времени голы не будут забиты, то победитель будет определён с помощью ударов с 11-метровой отметки в соответствии с правилами игры.

Команды, занявшие первое и второе места в Первенстве ФНЛ 2019/2020, а также победители стыковых матчей получают право выступать в сезоне 2020/2021 в Чемпионате России. Команды, проигравшие по итогам переходных матчей сезона 2019/2020 выступают в Первенстве ФНЛ 2020/2021.

При этом, клубы в установленном порядке должны подать заявку на процедуру лицензирования к участию в соревнованиях следующего сезона ещё до завершения текущего. В случае не подачи такой заявки одной из команд, занявших 13-е и 14-е места в чемпионате, такая команда теряет место в премьер-лиге, и автоматически сохраняет место в премьер-лиге другая финишировавшая по итогам чемпионата в зоне стыковых матчей команда премьер-лиги, а стыковые матчи за выход в премьер-лигу проводятся между командами, занявшими 3-е и 4-е места в Первенстве ФНЛ (без учёта мест, занятых вторыми командами премьер-лиги). В случае не подачи заявки на лицензирование одной из команд ФНЛ, получивших право на участие в стыковых матчах, команда, занявшая 13-е место в премьер-лиге, освобождается от участия в стыковых матчах и сохраняет место в премьер-лиге, стыковые матчи проводятся только между командой, занявшей 14-е место в премьер-лиге, и другой командой ФНЛ, получившей право на участие в стыковых матчах. В случае, если из четырёх участников стыковых матчей заявку на лицензирование подали только два клуба, стыковые матчи не проводятся.

Если команда снимается с чемпионата по ходу сезона, то она включается в число команд, вылетающих из премьер-лиги напрямую (при проведении командой не менее 50 % матчей на момент снятия, в оставшихся матчах ей засчитываются технические поражения, в случае проведения командой менее 50 % матчей, результаты проведённых игр аннулируются) и исключается из состава участников чемпионата и Первенства следующего сезона[9]. В истории чемпионатов России (в Высшей лиге, Высшем дивизионе, Премьер-лиге) случаев снятия команд по ходу сезона не было.

Из-за пандемии коронавирусной инфекции COVID-19, 15 мая 2020 года Исполком РФС объявил новую структуру календаря, по которому возобновление сезона предполагало проведение матчей с 21 июня по 22 июля (в дальнейшем сроки были утверждены с 19 июня), в том числе четыре тура с матчами в середине недели, и регламент. По этому регламенту, все оставшиеся игры сезона должны были пройти без зрителей, но позже было решено увеличить квоту до 10 % от вместимости стадиона. Кроме того, в регламент чемпионата было внесено изменение, разрешающее проводить пять замен в течение одного матча в соответствии с решением Международного совета футбольных ассоциаций (IFAB).

По итогам сезона два клуба покинут РПЛ без стыковых матчей и напрямую поднимутся два лучших по спортивным результатам клуба ФНЛ, при этом они должны будут соответствовать критериям лицензирования. В противном случае, эти клубы могут быть заменены на другие. Приоритет будет отдаваться командам, которые заняли 15-е и 16-е места в сезоне РПЛ 2019/20.[3].

После возобновления турнира появились случаи обнаружения у игроков ряда команд коронавирусной инфекции COVID-19. В результате сложилась ситуация, при которой команды были поставлены в неравные условия из-за особенностей новых пунктов регламента и его применений на практике с учётом местных предписаний Роспотребнадзора («Ростов» вынужден был сесть на карантин и сыграл против «Сочи» игроками юношеских команд и академии, матч «Краснодар» — «Динамо» был перенесён, «Оренбургу» были засчитаны два технических поражения, «Уфа» сыграла матч с «Тамбовом» и смогла избежать массовой самоизоляции игроков, и т.д.).

По состоянию на 2 июня 2019 года участие в чемпионате обеспечили себе 16 команд. Четыре клуба-участника представляют Москву, одним клубом представлены Грозный, Екатеринбург, Уфа, Казань, Краснодар, Оренбург, Ростов-на-Дону, Самара, Санкт-Петербург, Сочи, Тамбов и Тула.

По итогам прошлого сезона в Футбольную национальную лигу выбыли следующие клубы:

«Анжи», занявший 15-е место. Должен был вернуться в ФНЛ 5 сезонов спустя, но по финансовым причинам выступает в ПФЛ.

«Енисей», занявший 16-е место. Вернулся в ФНЛ спустя сезон.

По итогам Первенства ФНЛ 2018/19 в премьер-лигу вышли следующие клубы:

«Тамбов», занявший 1-е место. Вышел в премьер-лигу впервые в своей истории.

«Сочи», занявший 2-е место. Вышел в премьер-лигу впервые в своей истории.

Распределение мест в Лиге Европы
Обладатель Кубка России 2019/20 — в случае, если он финиширует в чемпионате ниже 3-го места — попадает в групповой турнир Лиги Европы 2020/21. При этом, если Кубок России выиграет команда, занявшая 4-е или 5-е место — место во 2-м квалификационном раунде Лиги Европы передаётся команде, занявшей 6-е место в чемпионате.

В случае победы в Кубке России 2019/20 команды, занявшей в чемпионате 1—3-е место, либо если обладатель кубка не допускается до европейских соревнований — место в Лиге Европы «от кубка» передаётся команде, занявшей 6-е место в чемпионате, причём — со 2-го квалификационного раунда, в этом случае место в групповом турнире Лиги Европы предоставляется команде, занявшей 4-е место в чемпионате, а команда, занявшая 5-е место, начинает с 3-го квалификационного раунда Лиги Европы.