Чемпионат России 2020/2021 будет проводиться по принципу «каждый с каждым» в два круга на своём поле и поле соперника. Команды клубов, занявшие 15-е и 16-е места в итоговой турнирной таблице чемпионата 2020/2021, выбывают в Первенство ФНЛ после соблюдения процедуры выбывания клубов из премьер-лиги. Команды, занявшие 13-е и 14-е места, играют по два переходных матча (дома и в гостях) с командами Первенства ФНЛ 2020/2021, занявшими соответственно 3-е и 4-е места (без учёта мест, занятых вторыми командами премьер-лиги). Победителем переходных матчей признаётся команда, которая забьёт большее количество голов в двух матчах, а при равенстве забитых голов — команда, забившая большее количество голов на чужом поле. В случае, если команды забьют равное количество голов на своём и чужом поле, то после второго матча назначаются два дополнительных тайма по 15 минут каждый без перерыва. Если в течение дополнительного времени обе команды забьют равное количество голов, то победителем будет команда, играющая в этом матче в гостях. Если в течение дополнительного времени голы не будут забиты, то победитель будет определён с помощью ударов с 11-метровой отметки в соответствии с правилами игры.

Команды, занявшие первое и второе места в Первенстве ФНЛ 2020/2021 получают право выступать в сезоне 2021/2022 в Чемпионате России.

При этом, клубы в установленном порядке должны подать заявку на процедуру лицензирования к участию в соревнованиях следующего сезона ещё до завершения текущего. В случае не подачи такой заявки одной из команд, занявших 13-е и 14-е места в чемпионате, такая команда теряет место в премьер-лиге, и автоматически сохраняет место в премьер-лиге другая финишировавшая по итогам чемпионата в зоне стыковых матчей команда премьер-лиги, а стыковые матчи за выход в премьер-лигу проводятся между командами, занявшими 3-е и 4-е места в Первенстве ФНЛ (без учёта мест, занятых вторыми командами премьер-лиги). В случае не подачи заявки на лицензирование одной из команд ФНЛ, получивших право на участие в стыковых матчах, команда, занявшая 13-е место в премьер-лиге, освобождается от участия в стыковых матчах и сохраняет место в премьер-лиге, стыковые матчи проводятся только между командой, занявшей 14-е место в премьер-лиге, и другой командой ФНЛ, получившей право на участие в стыковых матчах. В случае, если из четырёх участников стыковых матчей заявку на лицензирование подали только два клуба, стыковые матчи не проводятся.

Если команда снимается с чемпионата по ходу сезона, то она включается в число команд, вылетающих из премьер-лиги напрямую (при проведении командой не менее 50 % матчей на момент снятия, в оставшихся матчах ей засчитываются технические поражения, в случае проведения командой менее 50 % матчей, результаты проведённых игр аннулируются) и исключается из состава участников чемпионата и Первенства следующего сезона. В истории чемпионатов России (в Высшей лиге, Высшем дивизионе, Премьер-лиге) случаев снятия команд по ходу сезона не было.

По состоянию на 22 июля 2020 года участие в чемпионате обеспечили себе 16 команд. Четыре клуба-участника представляют Москву, одним клубом представлены Волгоград, Грозный, Екатеринбург, Казань, Краснодар, Ростов-на-Дону, Санкт-Петербург, Сочи, Тамбов, Тула, Уфа, Химки.

По итогам прошлого сезона в Футбольную национальную лигу выбыли следующие клубы:

«Крылья Советов», занявший 15-е место. Вылетел из РПЛ 2 сезона спустя.
«Оренбург», занявший 16-е место. Вылетел из РПЛ 2 сезона спустя.
По итогам Первенства ФНЛ 2019/20 в премьер-лигу вышли следующие клубы:

«Ротор», занявший 1-е место. Вышел в РПЛ спустя 15 сезонов.
«Химки», занявший 2-е место. Вышел в РПЛ спустя 9 сезонов.

Легионеры
Начиная с сезона 2020/2021 вступили в действие изменения регламента чемпионата касательно лимита на легионеров:

Пункт 12.9
Для участия в Чемпионате в сезоне Клуб сможет единовременно зарегистрировать:

— по форме № 3А не более 25 футболистов, в том числе не более 8 «легионеров», не менее 4 (четырех) доморощенных футболистов (в случае отсутствия в заявке Клуба указанного обязательного количества доморощенных футболистов, квота заявляемых по списку № 3А футболистов соответственно уменьшается до 24 −21 футболиста).
— по форме № 3В не более 30 футболистов, родившихся не ранее 01.01.1999 г.
Общее количество единовременно заявляемых по спискам № 3А и № 3В легионеров не должно превышать 8 (восьми)

Пункт 12.9.1
Легионеры, заявленные Клубом для участия в Первенстве ФНЛ, в соответствии с квотой, установленной Регламентом Первенства ФНЛ не могут выступать в Чемпионате.

При этом понятие «легионер» определено следующим правилом:

Футболист (игрок), не имеющий права выступать за спортивные сборные команды Российской Федерации по футболу в соответствии с нормами FIFA. К легионерам не относятся иностранные граждане, являющиеся гражданами Союзного государства, образованного Российской Федерацией и Республикой Беларусь и государств-членов Евразийского экономического союза (Армения, Казахстан, Киргизия) при условии, что такие граждане имеют право выступать за спортивные сборные команды по футболу своих стран.

Распределение мест в Лиге Европы и Лиге Конференций
Если Кубок России 2020/21 выиграет команда, занявшая 3-е или 4-е место, то она попадает в групповой этап Лиги Европы 2021/22, а место во 2-м квалификационном раунде Лиги конференций 2021/22 передаётся команде, занявшей 5-е место в чемпионате.

В случае победы в Кубке России 2020/21 команды, занявшей в чемпионате 1—2-е место, либо если обладатель кубка не допускается до европейских соревнований — место в Лиге Европы «от кубка» передаётся команде, занявшей 3-е место в чемпионате, в этом случае место в 3-ем квалификационном раунде Лиги конференций предоставляется команде, занявшей 4-е место в чемпионате, а команда, занявшая 5-е место, начинает с 2-го квалификационного раунда Лиги конференций.