23 ноября 2007 года Министерство обороны приняло решение исключить сапоги и портянки из перечня постоянных элементов военной формы одежды российских военнослужащих.
В конце марта 2008 года президент Академии геополитических наук, генерал-полковник Л. Г. Ивашов в ряде публичных выступлений подверг критике деятельность министра, сказав в частности следующее: «<…> в Минобороны творится что-то невероятное. И только нездоровой атмосферой между его главой и подчиненными, увы, не обходится. Если в ситуацию не вмешаются оба наших президента — уходящий и избранный, полагаю, последствия в сфере безопасности для России могут оказаться необратимыми.»
В связи с анонсированными 14 октября 2008 года министром деталями предстоящей масштабной военной реформы. «НВО» от 17 октября 2008 года резюмировала: «<…> все реформы, которые проводят Анатолий Сердюков и его команда, вызывают у армейской общественности серьёзную озабоченность и настороженность. Как хирургические операции, которые проводятся без соответствующего врачебного консилиума и диагноза.» В частности, по сведениям издания, в 2010—2011 году будут расформированы военно-медицинские факультеты в Самарском, Саратовском и Томском медицинском институтах; Государственный институт усовершенствования врачей Минобороны прекратит свое существование в 2013 году.